HS menggunakan kode nomor dalam mengklasifikasikan barang. Kode-kode nomor tersebut mencakup uraian barang yang tersusun secara sistematis. Sistem penomoran dalam HS terbagi menjadi Bab (2-digit), pos (4-digit), dan sub-pos (6-digit) dengan penjelasan sebagai berikut:
Misalkan kode HS 0101.11.xx.xx yang diambil dari BTBMI (10 digit)
01 01 11 xx xx
__ Bab (Chapter) 1
_____ Pos (Heading) 01. 01
________ Sub-pos (Sub-heading) 0101. 11
___________ Sub-pos ASEAN, ASEAN Harmonized Tariff Nomenclature (AHTN)
______________ Pos Tarif Buku Tarif Bea Masuk Indonesia (BTBMI)
HS mempunyai enam digit angka untuk penggolongan, masing-masing Negara yang ikut menandatangani konvensi HS atau contracting Party dapat mengembangkan penggolongan enam digit angka tersebut menjadi lebih spesifik sesuai dengan kebijakan Pemerintah masing-masing namun tetap berdasarkan ketentuan HS enam digit. Di Indonesia sendiri sistem penggolongan tersebut menggunakan sistem penomoran 10 digit dalam Buku Tarif Bea Masuk Indonesia (BTBMI) yang merupakan penjabaran lebih lanjut dari sub-pos dalam HS enam digit